30 мая 1498 г. флотилия вышла из устья реки Гвадалквивир. На этот раз Колумб решил держаться ещё южнее, полагая, что золото можно найти лишь ближе к экватору. От острова Йерро (Канарские острова) три корабля пошли напрямую к Эспаньоле, а три других повёл к островам Зелёного Мыса, откуда взял курс на юго-запад, намереваясь держаться как можно ближе к экватору. Корабли спустились до широты 9?30' с.ш. и далее следовали на запад.

31 июля был открыт остров Тринидад. Колумб обогнул его с юга и вышел к дельте реки Ориноко и заливу Пария, которые он исследовал около двух недель, но, сражённый тяжёлой болезнью, был вынужден поспешить на север, в Санто-Доминго.

20 августа Колумб прибыл на Эспаньолу, которую застал в плачевном состоянии. Колонисты подняли вооружённый мятеж против его брата Бартоломе, который закончился тем, что Колумб был вынужден пойти на введение системы закрепощения индейцев за мятежными колонистами (repartimiento), каждому из которых был отведён большой участок земли.

Испанская королевская казна почти не получала доходов от своей новой колонии, а в это время португалец Васко да Гама открыл морской путь в настоящую Индию (1498) и вернулся с грузом пряностей, доказав таким образом, что земли, открытые Колумбом, — совсем не Индия, а сам он — обманщик.

В 1499 монопольное право Колумба на открытие новых земель было отменено. В 1500 королевская чета направила на Эспаньолу с неограниченными полномочиями своего представителя Франсиско Бовадилью. Тот взял в свои руки всю власть на острове, арестовал Христофора Колумба вместе с братьями, заковал их в кандалы и отправил в Испанию. По прибытии, однако, местные финансисты смогли убедить королевскую чету снять обвинения с Колумба.